线程数对samtools对bam文件构建索引速度的影响

001、

(base) [b20223040323@admin1 test]$ ls

ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程

(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real 1m3.268s

user 1m35.792s

sys 0m5.750s ## 4线程

(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 4 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real 0m19.516s

user 1m27.850s

sys 0m3.824s ## 16线程

(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 16 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real 0m8.634s

user 1m35.308s

sys 0m3.913s ## 48线程

(base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 48 ERR2985610.sorted.markdup.bam

real 0m8.564s

user 1m42.343s

sys 0m4.396s

线程数可以提高速度， 但是对速度的影响有瓶颈。

。